Основной сюжет Submerged: Hidden Depths вращается вокруг братьев и сестер, дуэта Мику и Таку, пары, изгнанной из-за необъяснимого и потенциально опасного магического проклятия. Когда герои оказываются в затопленных руинах бывшего города, где старший из них, Мику, начинает использовать свое проклятие, чтобы создать...